Le Rinnegan

Le Rinnegan (輪廻眼, œil du Samsara, œil Métempsychique) est, des trois grands Dojutsus, réputé pour être le plus puissant. L'apparition du Rinnegan est si rare que Jiraya crut longtemps qu'il n'était qu'une légende. Kakashi, quant à lui, pense qu'il s'agit simplement d'une mutation.

Le Rinnegan est caractérisé par des cercles concentriques ayant pour centre la pupille, l'iris et la sclérotique étant de couleur gris-violette. En plus de permettre au possesseur d'assimiler rapidement de nombreuses techniques, celui-ci est capable de maîtriser les six natures élémentaires du chakra, ce qui, d'après Ibiki Morino, équivaut à pouvoir utiliser toutes les techniques existantes. Le possesseur a également accès aux techniques des Six Chemins (celles utilisées par Nagato à travers Pain), une caractéristique unique aux porteurs du Rinnegan. Tout comme le Sharingan et le Byakugan, le Rinnegan permet de voir le chakra. D'après Konan, le Rinnegan permet également de contrôler le septième chemin de Pain, "au-delà de la vie et de la mort", capable de ramener à la vie ceux qui sont morts récemments.

Les Six Chemins de Pain de Nagato étant des corps réanimés, leur Rinnegan avait été greffé à leur corps par des moyens inconnus. En faisant cela, Nagato pouvait voir à travers le champ de vision de chacun des corps, les coordonnant même durant un combat. Ainsi, contrairement au Byakugan, le Rinnegan ne possède pas d'angle mort dès que les corps regardent tous dans toutes les directions, ou lorsqu'un corps au moins regarde la cible. À cause de cet avantage, un adversaire est forcé d'aveugler un corps, ou d'utiliser une diversion pour avoir un angle mort. Les animaux invoqués par Shikushoudo (corps de Pain) possédaient également le Rinnegan, ce qui suggère que Nagato pouvait les contrôler et voir à travers eux également. Madara Uchiwa déclara que, tandis que le Sharingan et, dans une plus grande mesure, le Mangekyô Sharingan, pouvaient traduire une partie du texte de la tablette léguée par le Sage des Six Chemins, le Rinnegan permettait de le lire entièrement.

Madara prétend avoir donné le Rinnegan à Nagato. Pour cette raison, il dit être en droit d'avoir repris le Rinnegan sur le cadavre de Nagato. Il s'est greffé un Rinnegan dans l'orbite gauche, remplaçant le Sharingan sacrifié pour employer Izanagi contre Konan.

Les Pain de Nagato

Les Pains sont des corps controlés par Nagato : chacun représente un "Chemin" du Ninjutsu (Invocation, Ninjustu, Edo Tensei  ...etc...)